En primer lugar te recuerdo que estás en situación de pluriactividad si trabajas para un tercero y además como autónomo por tu cuenta. Esto supone que coticen por dos regímenes distintos a la Seguridad Social: a) el régimen general y b) el régimen especial de los trabajadores autónomos, conocido como RETA.
Sobre la prestación por maternidad si trabajas cómo autónoma puedes leer este otro artículo con información general sobre definición, requisitos y cómo la puedes pedir.
Respecto a la prestación por maternidad si te encuentras en situación de pluriactividad, el artículo 23 del Real Decreto 295/2009, de 6 de marzo regula las prestaciones económicas del sistema de la Seguridad Social por maternidad, paternidad, riesgo durante el embarazo y riesgo durante la lactancia natural, dice que se podrá optar al subsidio por ambos regímenes si se cumplen los requisitos exigidos en cada caso.
En cambio, sí sólo se acredita las condiciones para acceder a la prestación en uno de los regímenes, se reconocerá un único subsidio computando exclusivamente las cotizaciones satisfechas a dicho régimen.
Y para el caso de que en ninguno de los regímenes se reúnen los requisitos para acceder al derecho a recibir la prestación, se utilizarán las cotizaciones efectuadas en todos los regímenes siempre que no se superpongan, y se causará el subsidio en el régimen en el que se acrediten más días de cotización.
Por tanto, la conclusión es que una madre o un padre que están en situación de pluriactividad pueden optar a la prestación por maternidad o paternidad. El importe del subsidio o prestación dependerá de si se cumplen los requisitos en ambos regímenes, en uno sólo o incluso en ninguno.