Cuando un cliente no te paga una factura, lo mejor que puedes hacer es:
Pedir un aplazamiento de IVA, aquí te explicamos cómo pedir el aplazamiento
Así vas pagando el IVA a plazos y le das tiempo a tu cliente para pagarte.
Si prefieres no aplazar el IVA, puedes:
Emitir una factura en signo negativo (lo que se conoce como abono o factura rectificativa), para que compense la factura que no te han pagado.
Esto es una práctica habitual pero no la recomendamos porque es ilegal.