Es algo habitual que te dediques a más de una actividad. Ten en cuenta lo siguiente:
En tu contabilidad, no es estrictamente necesario que diferencies los ingresos-gastos de una actividad de la otra, puedes utilizar los mismos libros. Si por cuestiones de control, quieres diferenciarlas, puedes utilizar alguna nomenclatura que te lo permita, por ejemplo, al realizar las facturas de ingresos a tus clientes, desactiva en tu perfil de usuario la numeración automática de las facturas, y utiliza una numeración distinta para cada actividad. Ejemplo, para las facturas de consultoría, 2017-C001, 2017-C002, 2017-C003... y para las facturas de formación, 2017-F001, 2017-F002, ...
Cuando utilices el asesor virtual para analizar un Gasto Deducible, éste utiliza tu actividad principal en sus consejos. Si quieres que tenga en cuenta la segunda actividad, cambia el orden en el que tienes puestas tus actividades en tu perfil de usuario.
Para los modelos de impuestos, tener varias actividades no afecta, toda la información se aglutina, no hay que diferenciarlas. Declarando se encarga de ello.